Doktor är en titel som används för att titulera en läkare. Att vara doktor innebär att man har ansvaret för den medicinska hälsan hos besättningen, man har också unika privilegier (en doktor kan t.ex. entlediga befälhavaren om han/hon anser att det finns medicinska skäl till det). Att vara doktor är ofta synonymt med att vara "CMO". Kända doktorer i de olika Star Trek-serierna har varit:

• Phillip Boyce från den ratade första TOS-piloten "The Cage"
• Mark Piper från den andra TOS-piloten "Where No Man Has Gone Before"
• Elizabeth Dehner från den andra TOS-piloten "Where No Man Has Gone Before"
• Leonard McCoy från TOS, TAS och filmerna 1 t.o.m. 6
• Beverly Crusher från TNG och filmerna 7 t.o.m. 10
• Katherine Pulaski från TNG
• Julian Bashir från DS9
• Doktorn, från VOY
• EMH (utan känt namn), från Star Trek: First Contact
• Phlox från ENT